発酵微生物部門
１．食品加工残渣を活用した高温発酵技術
２．耐熱性微生物を利用するバイオ燃料等変換プロセス技術
３．酵母の遺伝子破壊株・多重破壊株作成技術
４．ハイスループット形質転換技術
５．細胞からのタンパク質抽出・精製技術
６．高速・大容量 PCR法によるワクチン生産技術
７．発酵微生物の耐熱化技術
８．発酵微生物の耐熱性機能解析技術
９．酢酸菌を利用する酸化発酵技術・酸化的物質変換技術
１０．酵母・酢酸菌・コリネ型細菌・大腸菌・ザイモモナス菌の耐熱化技術
１１．ストレス適応育種技術、高温発酵技術
１２．発酵微生物の嫌気培養
１３．細胞からの膜タンパク質抽出・精製技術

環境微生物部門
１．中温メタン発酵菌・塩分耐性水素発酵菌の耐熱化技術
２．微生物による排水処理およびリニューアブル・エネルギー生産に関わる技術
３．微細藻類を用いた有用物質生産プロセスに関わる技術
４．高温水素発酵技術によるバイオ水素生産に関わる技術
５．下水管内の硫化水素発生抑制技術
６．閉鎖系水圏の貧酸素化抑制技術
７．高濃度気体溶存水を用いた病原菌等の制御・殺菌技術
８．モノクローナル抗体産生ハイブリドーマの作成と抗体を使用した間接蛍光抗体法、抗原物質の同定と精製技術
９．マイクロインジェクション技術を使ったゾウリムシの脱核と移植、細胞質の移植、特定物質の移植技術
１０．ゾウリムシの採集、種の同定、培養、子孫の作成、凍結保存、細胞分画技術
１１．地下圏から分離培養した好熱菌株
１２．多様な環境からの細菌・アーキアの分離培養技術
１３．環境試料を対象としたメタゲノム・メタトランスクリプトーム解析技術

病原微生物部門
１．野生動物・魚類等に寄生する寄生虫の検出・同定技術
２．野生動物・海産魚等からの病原体の検出・分離技術
３．寄生虫感染家畜の検査技術
４．野生動物・家畜動物・マダニ・コウモリ等由来ウイルスの病原性・感染性解析技術
５．病原性ウイルスの不活性化技術
６．植物病原糸状菌・病原性フザリウムの解析技術
７．病原菌による植物病害の防除技術
８. 野生動物、伴侶動物、生産動物等の動物由来培養細胞を用いたウイルス感染実験
９．病原性細菌の遺伝子操作および病原性解析技術
１０．バイオフィルム阻害物質のスクリーニング技術

共通基盤研究・開発部門
１．麹菌の培養・遺伝子破壊株作成技術
２．原生生物（ゾウリムシ）の培養とRNA干渉によるノックダウン技術
３．バクテリアのゲノム解析、トランスクリプトーム解析

部門共通基盤技術
１．微生物（細菌，酵母）の培養技術
２．培養微生物の代謝産物の解析技術
３．培養微生物の遺伝子解析技術